João Pedro Morais comenzó sus estudios de posgrado en Matemáticas Aplicadas y Computación en el Departamento de Matemáticas de la Universidad de Aveiro (Portugal). Durante su tercer año, fue invitado a continuar sus estudios en el Instituto de Matemáticas y Física de la Universidad Bauhaus de Weimar (Alemania) a través del Programa ERASMUS, donde obtuvo su doctorado en Matemáticas con la distinción magna cum laude. Tras finalizar su doctorado, trabajó como investigador postdoctoral en la misma universidad durante siete meses.